Наивысшие достижения «Шинника» приходятся на вторую половину 90-х гг XX века и начало 2000-х.
Заняв в 1997 году рекордное для себя 4 место в чемпионате России, ярославская команда вышла на европейскую арену и приняла участие в Кубке Интертото УЕФА. В первом круге был обыгран финский ТПС, а во втором «Шинник» потерпел поражение от испанской «Валенсии» по сумме двух встреч, несмотря на домашнюю победу со счетом 1:0.
В 2004 году команда вновь получила возможность участия в Кубке Интертото, на этот раз было принято решение выставить дублирующий состав, который успешно обыграл чешский «Теплице», однако в следующем круге победа осталась за «Лейрией» из Португалии.
1963 г. – наградной значок за 1 место во второй группе класса «А» Первенства России
Все три кубка – 1991 г.
Вручены за 1 место в Международном турнире «Аэрофлот» в Чили, одним из спонсоров выступала компания «Аэрофлот». Турнир проводился в честь 250-летия столицы Чили – Сантьяго. Помимо «Шинника» в нем принимали участие олимпийская сборная Венгрии, две чилийские команды. Одним из участников со стороны Чили был ФК «Коло-Коло» - самая популярная команда своей страны, в составе которой играл один из самых результативных форвардов конца ХХ века - Иван Саморано.
1996 г. – Кубок Ярославского областного спорткомитета за 1-е место в Первом дивизионе Первенства России по футболу
1996 г. – медаль за выход в Премьер-Лигу
1997 г. – Кубок за выход ФК «Шинник» в Еврокубки. Заняв в 1997 году 4-е место в чемпионате России, ярославская команда приняла участие в Кубке Интертото УЕФА. В первом круге был обыгран финский ТПС. Медаль – от финского города-побратима г. Ярославля – Ювяскуля.
1997 г. - Памятная медаль к 100-летию футбола
1997 г. – Кубок турнира Transfly ,
2001 г. – медаль за выход в Премьер-Лигу, и Кубок за 1 место в Первом дивизионе Первенства России по футболу.
2006 г. – Кубок Польши Wroclaw, 1 место. Команда приняла участие в турнире, находясь на сборах в Польше.
Афиши к матчам «Шинника», переданы клубу коллекционером Щукиным А.П.
